La antigua casona siguió en poder de particulares hasta el año 1943 en que fue adquirido por el gobierno paraguayo, dado su origen eminentemente histórico. Lastimosamente desde su adquisición, el predio había quedado en estado de abandono hasta el año 1951 en el que se hicieron pequeñas refacciones.
En el año 1961 por Decreto del P.E. N° 15.639 de fecha 2 de mayo, fue declarado Monumento Histórico Nacional. Por el mismo Decreto se creó una Comisión Nacional de la Casa de la Independencia compuesta por el Sub Secretario de Educación y Culto, Director del Departamento de Enseñanza Superior y Difusión Cultural del mismo Ministerio, Director del Departamento de Cultura de la Municipalidad de la Capital, Presidente del Instituto de Numismática y Antigüedades del Paraguay, Presidente del Instituto de Investigaciones Históricas, Asesor: Director General de Archivo, Biblioteca y Museos de la Nación.
Se ha nombrado además una Comisión Asesora de entendidos en antigüedades, arquitectos, historiadores, religiosos, artistas, coleccionistas. Asesoraba además la Oficina Técnica del Ministerio de Obras Públicas y Comunicaciones, el Instituto Paraguayo de Investigaciones Históricas y finalmente, se ha nombrado un Director de la Casa quien fue el encargado de ejecutar lo proyectado por la Comisión Nacional.
El conjunto de personas citadas anteriormente se ha empeñado en hacer resaltar la verdadera significación histórica que tiene la Casa y ha efectuado las refacciones necesarias para hacer un Museo alhajado al estilo de las viviendas de la época colonial.
Para ello se preocuparon por el acopio de reliquias coloniales de la época y que guardan relación con la Independencia obteniéndose también varios objetos que pertenecían a nuestros próceres o a familiares de éstos enriqueciendo de esta manera la colección.
El Museo “Casa de la Independencia” fue inaugurado como tal el 14 de Mayo de 1965 y se conservan reliquias de incalculable valor histórico.
En Febrero de 2003 NICOLÁS DARIO LATOURRETTE BO por iniciativa y medios propios restaura todo el acervo museográfico. A partir del 2005 es PROTECTOR VITALICIO DEL MUSEO CASA DE LA INDEPENDENCIA.
